Выбуренные породы и пробы керна анализируют с помощью автоматизированной минералогии для определения количественных характеристик типа пласта, его пористости и нефте- или газоносности. Полученные результаты дополняют и обосновывают диаграммы сейсмического и газового каротажа, а также каротажные диаграммы, записанные прибором на кабеле, и обеспечивают входную информацию для моделей геологического строения, снижая, таким образом риски, связанные с разведкой и добычей нефти. Автоматизированный минеральный анализ металлоносной руды позволяет получить количественную информацию о размере и форме частиц и зерен, минералогическом составе частиц, степени выделения и минеральной ассоциации. Полученные результаты дополняют химический анализ и в совокупности используются для получения максимального выхода металла и определения решений в области поиска, добычи, переработки минерального сырья и очистки металла. Помимо этого, микроскопия используется в экологии, например, для определения степени загрязнённости почвы мышьяком.